TÉCNICA DE PCR PARA EL DIAGNÓSTICO DE Helicobacter pylori

La reacción en cadena de la polimerasa es una herramienta biotecnológica muy útil para el diagnóstico de bacterias o virus de difícil cultivo in vitro como Helicobacter pylori que coloniza la parte superior del tracto gastrointestinal, su presencia por largos períodos está asociada con gastritis crónicas, úlceras pépticas y carcinomas gástricos. La PCR ha sido utilizada para detectar la presencia de H. pylori en muestras de biopsias gástricas, jugos gástricos, heces, saliva, placa subgingival, mediante fragmentos de genes de H. pylori que amplifican determinadas regiones de ADN.

El diagnóstico por PCR de H. pylori tiene una sensibilidad y especificidad de 95 % y su principal ventaja es que se puede detectar el microorganismo sin importar la viabilidad de la bacteria en las muestras.¹⁵ La especificidad de esta técnica viene dada por el uso de oligonucleótidos sintéticos, específicos para determinado gen y que facilitan la amplificación de una secuencia nucleotídica, que a su vez es específica para el H. pylori; es por esta razón que en los últimos años se ha diseñado una variedad de pruebas diagnósticas para esta bacteria por medio de PCR basándose en:

Oligonucleótidos provenientes del gen de la ureasa A (ureA).
Oligonucleótidos provenientes de los genes que codifican el 16s ARN ribosomal (16s rRNA).
Oligonucleótidos provenientes de los genes codificadores de los antígenos especie-específicos (SSA, cagA).
Oligonucleótidos provenientes de secuencias al azar (ramdon sequence).
Oligonucleótidos provenientes del gen de la fosfoglucosamin mutasa (glmM).

Oligonucleótidos que determinan variantes alélicas del gen vacA.

El gen del H. pylori cagA, el cual codifica a una proteína asociada con la producción de citotoxinas, está siendo utilizado como marcador de virulencia y puede ser fácilmente detectable por medio de reacciones de PCR, por lo que ofrece así otra ventaja a favor de las determinaciones moleculares.

Secuencia amplificada localizada en el gen	Tamaño del producto de PCR	Secuencia del oligonucleótido sintético	Referencia
Gen ureasa A	411pb	5´GCC AAT GGT AAA TTA GTT3´ 5´CTC CTT AAT TGT TTT TAC3´	40
Gen ureasa C	294 pb	5´AAG CTT TTA GGG GTG TTA GGG GTT T3´ 5´AAG CTT ACT TTC TAA CAC TAA CGC3´	41
Gen proteína 26 kDa	588 pb	5´ATG TTA GTT ACA AAA CTT3´ 5´AAT TTA ATT TTC TTT AAG3´	40
Gen proteína 26 kDa	298 pb	5´TGG CGT GTC TAT TGA CAG CGA GC3´ 5´CCT GCT GGG CAT ACT TCA CCA TG3´	42,43
Gen 16S rRNA	446pb	5´CTG GAG AGA CTA AGC CCT CC3´ 5´AGG ATG AAG GTT TAA GGA TT3´	12
Gen 16S rRNA	500pb	5´TGG CAA TCA GCG TCA GGT AAT G3´ 5´GCT AAG AGA TCA GCC TAT GTC C3´	44
Secuencia Random	207 pb	5´TAA CAA ACC GAT AAT GGC GC3´ 5´CAT CTT GTT AGA GGG ATT GG3´	2
Fragmento de ADN 0,86 Kb	417 pb	5´CCC TCA CGC CAT CAG TCC CAA AAA3´ 5´AAG AAG TCA AAA ACG CCC CAA AAC3´	13
vacA s1a vacA s1b vacA s2 vacA m1 vacA m2	190 pb 187 pb 199 pb 290 pb 352 pb	5`GTC AGC ATC ACA CCG CAA C3` 5`CTG CTG GAA TGC GCC AAA C3` 5`AGC GCC ATA CCG CAA GAG3` 5`CTG CTG GAA TGC GCC AAA C3` 5`GCT AAC ACG GGA AAT GAT CC3` 5`CTG CTG GAA TGC GCC AAA C3` 5`GGT CAA AAT GCG GTC ATG G3` 5`CCA TTG GTA CCT GTA GAA AC3` 5`GGA GCC CCA GGA AAC ATT G3` 5`CAT AAC TAG CGC CTT GCA C3` http://scielo.sld.cu/scielo.php?pid=S0375-07602004000200001&script=sci_arttext	24  24  24  24  24